Esistono diverse maniere di conservazione dell'organismo. Possiamo avere una conservazione diretta o indiretta: alla prima vi appartengono la mineralizzazione, a demineralizzazione, la carbonizzazione e la formazione di un guscio pseudomorfico; nella seconda abbiamo l'impronta, il modello interno, il modello interno con impronta esterna.
Demineralizzazione
Di norma, quando le acque circolanti sono povere di sali si ha la completa dissoluzione dei gusci o degli scheletri. Tuttavia, in alcuni casi si ha solo un parziale impoverimento di sali, per cui si conservano resti anche in rocce impermeabili come le argille. I fossili diventano molto fragili e si polverizzano facilmente quando vengono toccati, come nel caso dei coralli della foto, provenienti dalla marna di Possagno.
Lo stesso si verifica quando un minerale stabile viene sostituito da un minerale meno stabile.
Mineralizzazione
Le parti più resistenti dell'organismo possono venire sostituite, molecola per molecola, da soluzioni sature di sali minerali formando così un guscio pseudomorfico uguale nella forma, ma di diversa composizione rispetto all'originale. Quando la sostituzione è lenta si conserva anche la struttura originaria. I più comuni minerali che intervengono nella sostituzione sono la calcite, la silice, ma anche pirite e dolomite.
Più semplicemente possiamo avere un'impregnazione del reperto da parte dei minerali (calcite, silice, barite, ecc.) che vanno ad occupare gli spazi vuoti presenti nella struttura, portando ad un aumento e irrobustimento del fossile.
Una situazione particolare è la permineralizzazione. La precipitazione di minerali durante le prime fasi di fermentazione anaerobia (prima di qualsiasi decomposizione significativa) imbibisce i tessuti, riempie le cellule, permette la formazione di fossili nei quali sono conservati i dettagli della struttura cellulare. Questo processo che viene chiamato anche permeazione cellulare o "pietrificazione" spesso interessa i vegetali i cui lumi cellulari vengono riempiti da soluzioni ricche di silice (o di calcite): i legni mantengono cosi inalterate sia forma tridimensionale che caratteristiche cellulari, dando origine in alcuni casi alla formazione di spettacolari “foreste” fossili, come la foresta pietrificata in Arizona.
legno silicizzato - ammonite piritizzata
Impronte e Modelli
Si può formare un'impronta esterna o interna quando i sedimenti che ricoprono il guscio sono sottili e ne conservano la forma della superficie esterna o interna in negativo.
Se sull'impronta esterna o interna si deposita del sedimento si ha la controimpronta che riproduce in positivo la forma dell'organismo.
Il modello interno si ha quando la cavità viene riempita dal sedimento e conserva la forma interna dell'animale.
Quando viene conservata la forma interna ed esterna del guscio abbiamo il modello interno con impronta. In esso, dopo lo scioglimento del guscio originario, si ha un avvicinamento delle due parti fino ad aderirvi, per cui le dimensioni non corrispondono all'originale.
Nel caso in cui il guscio venga sciolto da acque circolanti poco sature di sali (dissoluzione) quando l'impronta interna ed esterna sono già solidificate, la cavità può essere riempita da precipitati di sali formando un calco naturale del guscio o pseudoguscio. In questo caso non si conserva la struttura originaria dell'organismo.
Carbonizzazione
Le sostanze organiche sono composte principalmente da quattro elementi: C, N, H e 0. Se con il passare del tempo, in ambiente scarsamente ossigenato, si allontanano gli elementi più volatili e cioè H, N e 0, ad opera probabilmente di batteri anaerobi, si ha un progressivo arricchimento in percentuale di carbonio. Questa conservazione, tipica dei vegetali, ha permesso la formazione di vasti giacimenti di carbone.
Con il processo di carbonizzazione si passa dalla torba, alla lignite, alla litantrace e all'antracite. Il prodotto finale della carbonizzazione delle sostanze organiche porta alla formazione della grafite grazie ad un metamorfismo di alto grado (si veda la carbonizzazione nell'apposita pagina).
Incrostazione
Si verifica in vicinanza di cascate o in cavità carsiche. L'acqua nebulizzata, ricca di sali, deposita un sottile strato di carbonato di calcio su qualsiasi oggetto o organismo riproducendone la forma. Quando i vegetali si decompongono, nel rivestimento carbonatico rimane l'impronta, spesso perfetta, di rametti, foglie, ecc.
Inglobamento
Sono stati rinvenuti insetti e piccole foglie, perfettamente conservate nei minimi particolari, inglobati nell'ambra (resina fossile, che nella foto ha inglobato un dittero nematocero) che li ha isolati completamente dall'ambiente esterno, bloccandone il processo putrefattivo. In genere si conserva la struttura esterna ma non quella interna dell'organismo.
Di particolare interesse sono i rinvenimenti di mammut perfettamente conservati anche per quanto riguarda la carne e il pelo, racchiusi nel ghiaccio in alcune località della Siberia e di rinoceronte lanoso in ozocerite (cera origine minerale). I peli del mammut, una volta scongelati si dissolvono rapidamente se non vengono protetti.
Distillazione
Meccanismo poco conosciuto in cui gli elementi più volatili di un organismo vengono distillati lasciando una sottile pellicola di carbonio che riproduce la forma dell'organismo. Ne costituisce un esempio il ritrovamento di graptoliti (nella foto), di solito mal conservati.
Impregnazione
Scheletri di Vertebrati o di Echinodermi vengono impregnati nelle porosità da minerali, permettendo un'ottima conservazione della forma e della struttura. Un caso particolare è l'impregnazione delle ossa di alcuni Vertebrati con oli minerali, risaliti dal suolo attraverso fratture, nei quali erano caduti accidentalmente, come si può vedere nello Smilodon della foto.
Mummificazione
Permette la conservazione di parti delicate per rapida disidratazione in ambienti particolarmente secchi (caldi o freddi) e ben ventilati. Si tratta di un processo di temporanea interruzione della decomposizione, perché l'organismo non appena si trova di nuovo esposto ad un ambiente umido riprende immediatamente a decomporsi.
La conservazione non si ha per tempi geologici, perché intervengono processi ossidativi che, anche se lentamente, distruggono ogni mummia.